小狗狗能坐长途汽车吗？
很同情你的遭遇！ 其次你提到的小狗应该是小型犬（一般大型犬是不会被允许带上火车的），根据题主的描述，我感觉应该是刚买没多久的幼犬。
其实刚刚买来的小狗狗因为换了环境，气温差异大等原因，是会比较怕生的。不过如果它觉得你可以信任的话，也会很乐意跟你回家，只是表现的形式可能不一样。 比如我家一只小狗刚来的时候（两个多月），我站在楼梯口喊它的名字，它就乖乖跑过来，不过当我要抱起它的时候，它就使劲挣扎，拒绝被拥抱；但是如果我拿起零食逗着它是可以的。
还有一次，我下班回来，它在门口等我，我一靠近就拼命摇头摆尾，非常兴奋，不过当你伸手想抚摸它时，它又退缩了，不过只要你坚持用手跟它“耍流氓”，它也就妥协了。 其实小狗跟小孩子一样，需要慢慢培养感情和信任感。
另外我觉得你家小狗可能不是太习惯车里的氛围，因为新车可能会有点味道，再加上你在开车的时候，它感觉自己是被束缚的，所以会焦躁不安。
我的建议是你可以在平时多带它出去溜溜，在熟悉的环境中培养感情，同时教会他一些基本的外训（比如坐下，趴下等简单的指令），这样在上车的时候先让小狗习惯坐在你旁边，然后慢慢安抚它的情绪，给它个玩具玩会，或者喂点食物，把它哄睡着了，再关闭车窗，启动车辆。
最后祝你平安到家，和小动物幸福相处！